Nur selten findet man Torhüter nach ihrer aktiven Zeit in der Vereinsführung oder gar als Trainer wieder. Viele bleiben ihrer Position erhalten, indem sie Torwart-Trainer werden. Auch Jörg Schmadtke war 2001 für kurze Zeit ein solcher Coach bei Fortuna Düsseldorf. Darüber hinaus war er kurze Zeit sogar Co-Trainer von Rainer Bonhof bei Borussia Mönchengladbach. Was ihn jedoch von vielen seiner Torhüterkollegen hervorhebt, ist seine Laufbahn als Sportdirektor.

Im Dezember übernahm Schmadtke den Posten als Sportdirektor bei Alemannia Aachen. Der Klub befand sich zu dieser Zeit kurz vor dem finanziellen Ruin, doch unter der Leitung des gebürtigen Düsseldorfers erreichte der Klub 2004 das Finale des DFB-Pokals und nahm an der darauffolgenden Saison sogar am UEFA Pokal teil. Alemannia war wieder schuldenfrei und stieg 2006 sogar in die Bundesliga auf. Doch bei einigen Verantwortlichen machte sich der Größenwahn breit, der dazu führte, dass ein für Aachener Verhältnisse riesiges Stadion erbaut wurde. Schmadtke, ein großer Gegner dieses Vorhabens, zog die Reißleine und wollte den Verein verlassen, doch der Klub kam dem Manager zuvor und beurlaubte ihn. 2009 übernahm er dann den Sportdirektorposten bei Hannover 96. Den Klub verließ er 2013, um sich eine Auszeit zu nehmen.

Doch diese Auszeit dauerte nicht lange, denn bereits zur Saison 2013/14 heuerte er beim 1. FC Köln an. Dort überzeugte er mit seriöser und bodenständiger Arbeit und führte den ersten deutschen Meister der Bundesliga überhaupt zurück in die obere Tabellenhälfte. Nicht ohne Grund verlängerte man zudem im Mai 2015 den Vertrag langfristig bis 2020. Als langfristiges Ziel gibt Schmadtke nun die Europa League aus und wenn man im Hinblick darauf eines aus seiner Aachener Zeit gelernt hat, dann, dass er nicht zu Überheblichkeit neigt.