Thomas Linke stammt wie so viele Manager der Bundesliga aus dem Profifußball. Lange Zeit spielte der ehemalige Innenverteidiger für Vereine wie Schalke 04 und Bayern München. Nebenbei lief Linke bis zur Wiedervereinigung für die DDR auf und war anschließend von 1997 bis 2004 43-facher Nationalspieler der Bundesrepublik.

Schon während seiner Tätigkeit als Spieler übernahm der gebürtige Thüringer zunehmend Verantwortung im Verein. So war er 2007 neben seiner Tätigkeit als Spieler von Red Bull Salzburg auch Assistent von Sportdirektor Heinz Hochhausen. Im Februar 2011 übernahm der 46-Jährige den Posten als Sportdirektor beim deutschen Pendant Rasenballsport Leipzig. Doch die Station beim Regionalligisten mit großen Ambitionen dauerte nur wenige Monate, ehe man sich einvernehmlich trennte.

Im November 2011 klopfte dann der Verein FC Ingolstadt an der Tür des verfügbaren Sportfunktionärs und gab ihm die Aufgabe, den drohenden Abstieg des Vereins zu verhindern. Linke nahm sich der Aufgabe an und musste gleich zu Beginn seiner Tätigkeit den Trainer entlassen und installierte stattdessen einen alten Bekannten als Chefcoach. Unter Tomas Oral gelang der Klassenerhalt und nach und nach erhöhten sich die Ambitionen des vom Autohersteller Audi unterstützten Klubs. In der Folge wollte man eine dominantere Spielweise an den Tag legen und verpflichtete so nach einem Missverständnis mit dem Fußballlehrer Marco Kunz Ralph Hasenhüttl. Mit dem Österreicher gelang Linke ein Glücksgriff, denn die Saison 2014/15 schloss man als Zweitligameister ab und konnte darüber hinaus in der darauffolgenden Saison durch einen aufopferungsbereiten, sehr auf Pressing ausgelegten Fußball den Klassenerhalt schaffen. In dieser Saison offenbarte die Mannschaft jedoch unter Neutrainer Markus Kauczinksi große Defizite und findet sich daher im Tabellenkeller wieder.